Никольский храм был построен как госпитальный храм Азовской флотилии (впоследствии ставшей Черноморским флотом). Его возведение осуществлялось в соответствии с планом застройки гавани, утверждённым Адмиралтейств-коллегией в Санкт-Петербурге. Именно в Адмиралтейств-коллегии настоятельно рекомендовали строить храм, а не часовню, как предлагалось на месте. Таким образом, Никольский храм можно считать Адмиралтейским.
Поскольку гавань находилась в крепости, и план ее застройки соотносился с застройкой крепости, а вновь построенный Никольский храм оказался больше крепостного Архангело-Михайловского, было принято решение использовать Никольский храм как соборный.
В октябре 1777 года командующий Азовской флотилией контр-адмирал Клокачёв направил в Адмиралтейств-коллегию рапорт, в котором сообщал о высокой степени готовности храма. В нём также содержалось предложение с целью экономии средств отлить церковный колокол из негодных медных трофейных турецких пушек, скопившихся в крепости.
Скорее всего, эти орудия были складированы на территории крепости еще во время войны 1735-1739 гг., после того как граф Миних занял крепость Очаков, где было взято более 100 медных пушек. В рапорте предлагалось отлить колокол на заводах в Бахмутском уезде. Отлили колокол с изображением небесных покровителей моряков – святого Николая и святого Фоки, стоящего на луне в молитвенном положении: с поднятыми к небу глазами и сложенными на груди руками. Вес колокола составил около 150 пудов (2450 кг). На его поверхности сохранился едва различимый фрагмент надписи, выполненной вязью при отливке: «Сей колокол… вылит… Святого Николая Чудотворца в Таганро… из турецкой артиллерии весом… пудов 1778 года месяца августа… числа».
С 1788 года можно говорить о Никольском морском соборе города Таганрога – первом на юге России, так как Таганрог – это первая крепость-гавань. Херсон, Керчь, Севастополь, Николаев строились уже позже, причем по плану, отработанному в Таганроге. Такое положение было действительным до 1820 года, когда собор был передан в ведомство Синода, и ему определили статус храма. Ранее, в 1803 году, в Севастополь был перевезен колокол, ныне это туманный колокол на мысе Херсонес. Это было связано с перебазированием флотилии и ее преобразованием в Черноморский флот. Важно отметить преемственность: колокол был передан Никольскому собору г. Севастополя.
В 1845 году к храму была пристроена 3-ярусная кирпичная колокольня во имя святой великомученицы Параскевы, а также была благоустроена прилегающая территория. Позже к приделу добавили трапезную. В архитектурно-художественном отношении здание представляет собой типичную приходскую церковь, построенную в классическом стиле. Колокольня выполнена с элементами ампира.
Во время Крымской войны 1855-1856 годов, 20 мая 1855 года в Таганрогский залив вошла вражеская эскадра. 22 мая город подвергся артиллерийскому обстрелу: с кораблей противника было выпущено около 10 тысяч разрывных и зажигательных бомб, боевых пороховых ракет, гранат и картечи. Свидетельством этой бомбардировки являются два ядра, застрявшие в южной стене Свято-Никольского храма.
В 1860-х годах храм потребовал ремонта и расширения. Известный русский архитектор Н. В. Трусов составил проект нового декоративного фасада, пристройки трапезной части к колокольне и ее расширения за счет боковых пристроек. В 1866 году проект был утвержден, но из-за недостатка средств был реализован частично. В результате храм приобрел современный облик: была пристроена трапезная часть к колокольне и частично отреставрирован фасад.
В 1913 году храм значился как трёхпрестольный: главный престол — во имя святителя Николая, а под колокольней располагались два престола: во имя святой мученицы Параскевы, наречённой Пятницей, и во имя Рождества Иоанна Предтечи.
В 1920–1930-х годах в Никольском храме находилась кафедра епископа Иосифа (Чернова), однако в этот период храм не упоминается как собор. В то же время он являлся центром сопротивления обновленческому движению в Таганроге. В отличие от 1942–1943 годов, когда, в период оккупации, епископ Иосиф (Чернов), будучи митрополит Алма-Атинский, как викарий Ростовской епархии, вновь организовал в городе кафедру, после чего появились упоминания о Никольском кафедральном соборе. В послевоенные годы, вплоть до закрытия храма в связи с отсутствием кафедры, он вновь упоминается как Никольский храм.
Во время Великой Отечественной войны деревянная церковь полностью сгорела. В эпоху хрущёвских гонений на Церковь храм подвергся практически полному разрушению. В 1962 году верхние ярусы колокольни были взорваны.
На территории храма в разные годы располагались теннисный корт, конюшня, гаражи и автомастерская, а также деревообрабатывающий цех.
В 1984 году Северо-Кавказский филиал проектного института по реставрации памятников истории и культуры разработал проект реставрации Никольского храма в рамках проектного предложения по застройке территории бывшей Троицкой крепости. Согласно этому проекту, в здании храма предполагалось разместить музей Военно-морского флота.
Несмотря на то, что проект по застройке бывшей Троицкой крепости не был реализован, проект реставрации храма был осуществлен в том виде, который предполагал не богослужебную, а выставочную деятельность (восточная часть храмового здания, расположенная на месте сгоревшей в 1942 году деревянной церкви, была разделена на множество помещений под размещение экспозиции).
В 1989 году храм передали Церкви, освятили, и в нем начались богослужения. С 1992 г. храм охраняется как памятник истории и культуры местного значения. Работы по проекту реставрации с восстановлением колокольни и возведением нового здания с восточной стороны завершились в 1995 году.
Храмовый комплекс воссоздан благодаря усилиям настоятеля Никольского храма с 1989 по 2014 годы протоиерея Александра Клюнкова и городских властей. Возрождённый из руин Никольский храм ныне сияет своим великолепием. В нём произведена настенная роспись, изготовлен уникальный иконостас, написан целый ряд больших и малых икон. Для этих работ о. Александром были привлечены высококвалифицированные мастера-иконописцы.
В феврале 2016 года определением Освященного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви состоялось прославление святого Павла Таганрогского в лике местночтимых святых, а его честные мощи были перенесены в Никольский храм. Крестный ход с его мощами с кладбища в храм проходил через центральные улицы в сопровождении тысяч верующих. Во время торжественного прославления произошло чудесное знамение в виде гало вокруг солнца.
Работу по общецерковной канонизации праведного Павла Таганрогского подготовил настоятель храма с 2014 по 2023 годы протоиерей Алексий Лысиков.
Общецерковное прославление старца Павла сделало храм одним из центров духовной и культурной жизни не только города, но и всего Донского края, так как праведный Павел Таганрогский – первый прославленный святой подвижник на Юге России.
Обилие находящихся в храме святынь вызывает благоговейный трепет у всех православных таганрожцев. Это, в первую очередь, святые мощи праведного Павла Таганрогского, которые покоятся в великолепной позолоченной раке, а также образ святителя Николая Чудотворца с частицей его мощей, икона святого адмирала Феодора Ушакова с частицей мощей, а также списки с чудотворных икон Божией Матери «Всецарица», «Неупиваемая Чаша», и многих других почитаемых образов.
Храм стал настоящим центром духовности и религиозного образования. При нём действует воскресная школа для детей и взрослых, открылся музей культуры и истории Приазовья.
Важно отметить, что в контексте истории колокола о Никольском храме до сих пор пишется как о соборе. В частности, севастопольский историк В. Н. Прокопенков в книге “Херсонесский колокол” пишет: «В 1778 году в Троицкой крепости Таганрогского порта…была возведена церковь святого Николая Чудотоврца получившая статус соборной… Несмотря на повреждения, полученные в ходе Крымской и Великой Отечественной войн, собор сохранился до наших дней».
Таким образом, на основании исторических источников и многочисленных упоминаний можно утверждать, что Никольский храм является первым на юге России Никольским морским собором.
Келья святого праведного старца Павла Таганрогского расположена в Таганроге, по адресу: переулок Тургеневский, 82.
Неподалёку от неё находится церковь Николая Чудотворца, которую святой посещал при жизни, участвуя в богослужениях и молебнах. В настоящее время в этом храме хранятся его святые мощи.
После многих странствий по святым местам и обителям святой Павел Таганрогский решил навсегда остаться в Таганроге и поселился в этом доме, где прожил до своей кончины в 1879 году.
Послушница старца Мария Цурютина так описывала его келью:
«Старец Павел занимал под квартиру целый дом, состоящий из нескольких комнат, из которых одна называлась его келией. Келия эта вся была уставлена св. иконами, пред которыми стояла деревянная скамейка, а на ней стояли кувшины, наполненные песком, куда были вправлены большие ставники (свечи), горевшие день и ночь, горели пред иконами также и лампады. Около остальных стен келии стояли кадки, горшки, корзины и мешки, наполненные хлебом, бубликами, маслинами, черносливами, лимонами, медом и проч.; на стенах висели сумки с просфорами. Около одной из стен стояла скамья, ничем не покрытая, служившая старцу вместо постели».
Вместе со старцем в келье жили его ученицы и подвижницы, которые впоследствии создали общину под руководством его преемницы Марии Величко (04.08.1852 – 16.06.1943). Именно сюда приходили люди, чтобы получить духовное наставление и утешение.
“Он стал принимать к себе в качестве послушников стариков и юношей, вдов и девиц, и держал их очень строго, приучая к посту, молитве, воздержанию и всякой добродетели, своею собственной жизнью и примером научая их”.
После смерти старца, келья и подворье были выкуплены его почитательницей баронессой Елизаветой Таубе, и переданы в собственность ученицам святого. Долгое время дом принадлежал разным членам общины. В 90-х годах 20 века начался процесс передачи кельи в собственность Русской Православной Церкви.
В 2014 году дом и подворье были полностью выкуплены и оформлены как собственность Никольского храма, началась реставрация и реконструкция кельи и подворья под руководством председателя комиссии по канонизации святых Донской митрополии, благочинного Таганрогского округа протоиерея Алексия Лысикова.
В 2016 году состоялось общецерковное прославление старца Павла в лике праведных.
В келье частично сохранен, а частично воспроизведен интерьер того времени, когда там проживала старица Мария Величко и другие послушницы. Сохранены и отреставрированы иконы, принадлежащие старцу Павлу. Многие реликвии, которые в советское время хранились в храме Всех святых г. Таганрога и у частных лиц, были возвращены в келью.
Как и при жизни святого, в келье перед множеством икон стоят кувшины, наполненные песком, в них день и ночь горят свечи. По традиции, заведенной старцем, в келье угощают бубликами и святой водой. Особо почитается паломниками лавочка, на которой отдыхал праведный Павел. Многие верующие, приходя в келью, непременно стараются полежать на ней, веря в исцеление по молитвам святого.
На подворье построена трапезная для паломников и крытая галерея. Двор вымощен камнем, в центре подворья установлен бронзовый барельеф-икона праведного Павла, выполненный ростовским скульптором Ириной Штодой.
12 мая 2019 года митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий освятил воссозданный комплекс на месте подворья кельи святого праведного Павла Таганрогского.
20 июня 2021 года, в день празднования 5-летия со дня общецерковной канонизации, на подворье кельи проходил городской фестиваль.
Ежедневно в келье совершаются молебны.